ペンギンの忍者・まん丸が忍者修行する動物忍軍。「念雅流」の頭領のネンガは‘ひとたび吹けば、あらゆる物が天に落ちる’と伝えられる「天容の笛」を守っていた。笛を狙うのは、ネンガの弟・ギオ率いる羅門衆や、猿の白朗率いる甲賀流忍者軍団、犬の黒龍斎率いる伊賀流忍者軍団。彼らから天容の笛を守ってきたまん丸たちだったが、伊賀と甲賀の総力戦に巻き込まれぼろぼろになってしまう……。この騒動を終わらせようとネンガは自らギオの元へと訪れるが、相容れようとしないギオはついにはネンガを殺害してしまった……！！ 笛を守り続けるまん丸たちだが、その前にギオがあらわれる。圧倒的な力の差、そしてネンガが殺されたと告げられ呆然となる中、ついには天容の笛にかかわるものすべての最終決戦が始まる…！！ TVアニメ化もした伝説の少年漫画の新装版、ついに完結！！