東京の動物病院で働く獣医師、鹿間一成（しかま かずなり）は院長を殴打する事件を起こしてしまい勤務先の病院を追われ、更には妻も家を出てしまう。
一成は妻の連れ子で10歳になる諷子（ふうこ）と共に、両親を亡くした彼を育ててくれた信州の伯父夫婦の家を訪ね、そで動物診療所をはじめることになるが…。
うそ…つくよ…ある日の授業中、クラスメイトが教科書の動物はうそをつかないから好きだ、という文章を読んでいた時に諷子がポツリと、そうつぶやいた。
授業の後、諷子の言葉を不思議に思って話しかけた担任の小絵（さえ）に彼女は動物だってうそをつく！と強く訴えかける。
小絵はその諷子の様子にただならない何かを感じ取っていた。
そしてその日の帰り道、小絵は見慣れない女性と話をする諷子を見かける。
動物だってうそをつく…諷子がその言葉に込めた真意は？そして諷子が会っていた相手とは？その他、冬のある日、傷の癒えた小鳥を山に放すため一成と一緒に山の中を歩いていた諷子は、川沿いの氷の中にまるで夏のような風景があるのを見つける。
それはクラスメイトの亘（とおる）が作ったものだった。
ある日、亘と一緒に再びその場所に行った諷子はそこに予期しない物を見つけ…「氷の中の夏」。
諷子が下校途中に出会ったバードウォッチングの男性。
山を案内した諷子に男性はお礼として双眼鏡と撮影したフィルムを渡して別れるが、諷子の話を聞いた一成はそこにただならない雰囲気を感じとる…「みんないっしょに」。
ある日、一成の元に泥だらけのボトルが送られてくる。
それは東京にいた頃、一人の男が可愛がっていたペットの亡骸と共に土に埋めたものだった…「ウイスキーを飲める時」。
ある雪の日、戻ってきた母親に連れ出された諷子は母親の車を飛び出し、山の中に逃げ込む。
同時に往診帰りの一成も山中で事故を起こしていた。
日が落ち、雪が降り続く中、伯父の袈裟次郎たちはなすすべをしらず…「心」など。
田舎の暮らしと自然との関わり、そして昨今話題に上がる親子の絆…小山田いくが淡々と描く名作最終巻。
小山田いく先生の当時の単行本コメント『ゆっくりと、七十二回の話を描いてきました。
何だか「風の宿」は、ゆっくり、ゆっくり、描いてきた気がしています。
そういう気持ちでいなければ、描けない物語でした。
そんな気分が、読者のみなさんにも伝われば…と、願っています。
』