ロボット同盟に反旗を翻したサファイア、レオ、写楽たち宇宙海賊は、地下都市エル・ニドに逃げ込んだ。
だがアトラス直属の最強ロボットの1体・ゲジヒトの追跡を受け大バトル発生。
劣勢に立たされたサファイアたちだが、謎の少女ファイアと写楽の祈りが通じたか、地面からフェニックス型の宇宙船が隆起。
それに飛び乗り脱出に成功した。
だが宇宙を航行中、宇宙船内に寄生生物が大発生。
その危機に立ち向かうのは、フェニックス号に乗り込んだサイバー外科医のブラック・ジャック！！ 天才外科医の神業が冴え渡る！！ そしてロボットの英雄、あの’鉄腕’も登場…！？