住菱技術研究所のAIロボ、タキジロウが感じたかすかな違和感、それはコンピュータウィルスの侵入によるものだった！住菱グループへのサイバー攻撃が始まり、自分の手に負えないと判断した谷は、サイバーディフェンス研究所（CDI）に事件の解決を依頼する。
CDIのメンバーはすぐに解析を開始、犯人の狙いと手段を捜し始める。
やがて判明した犯人の狙いは、太平洋上にあるメタンハイドレート掘削現場を破壊するというものだった。
ゲンはCDIのメンバーとともに現地へ乗り込むことになる…「時間との闘い」。