人類滅亡の到来を少しでも先に延ばすことを目的とした組織「アトラス院」。
とある出来事によって半吸血鬼化してしまったシオンは、アトラス院を後にし、さつき、リーズバイフェとともに日の当たらない生活を送っていた。
そこにアトラス院長・シアリムが現れる。
彼女は数々の‘確定された未来の世界’を用意する。
‘シオンがアトラス院長になった世界’‘オルガマリー・アニムスフィアと出会う世界’――しかし、どうしても絶望の結果が待ち受けていた。
それでも、シオンは「未来は変えられる」と信じ続けられるのだろうか？ そこに、とある女性が姿を現す。