突如現れた巨大怪獣ロボット・タートルキングは、国際原子力センターを破壊し世界平和のために使われるはずだったウランを奪って逃げ去った！ この大問題に対応するため、国際科学技術機構の会議室に、各国の代表が集められた。
その席上で、日本の南部博士は、怪獣ロボットを操っているのは「ギャラクター」であり、その脅威に立ち向かうには「少年科学忍者隊」の力を使うしか無い、と宣言する。
少年科学忍者隊……ある時は五つ、ある時は一つ、実態を見せずに悪に忍び寄る白い影、その名も『科学忍者隊・ガッチャマン』！！