高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う’保菌者’によって埋め尽くされてしまった…。
蠢く大量の’保菌者’から逃げ切れるのか！？ 絶望的サバイバル、開幕！ 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む！！ いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ！「保菌者騒動」終結の鍵を握るのは天宮晴輝！ その救出に紗月と自衛隊は隔離地域へ向かう。
だが…そこに待ち構えていたのはエリックの罠だった。
碇を始め仲間達が続々変異体へと変化、劣勢を悟った紗月は撤退を指示する。
しかし「翼の変異体」明石と「最強の変異体」轟の参戦で、その目論見すら破綻…山田は轟に倒されてしまう！