高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う’保菌者’によって埋め尽くされてしまった…。
蠢く大量の’保菌者’から逃げ切れるのか！？ 絶望的サバイバル、開幕！ 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む！！ いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ！秋保脱出作戦当日──「秋保は犯人の実験場。
天宮螢からの電話は犯人に乗っ取られている」。
高木譲は晴輝に衝撃の事実と犯人打破の僅かな可能性を語り、自ら命を絶った。
同じ頃、道の駅駐車場では新たな感染者が続出。
また小早川の裏切りにより、毒ガスが自衛隊を襲う…。
犯人側の仕掛けに対し、晴輝はリーダーとして皆を守れるのか！？