士郎正宗の『攻殻機動隊1.5』のつづきの世界。
草薙素子が姿を消した後の公安9課を描いた『攻殻機動隊』最新作！ 東北のトワダで、草薙素子の汚染された義体が見つかったという報告を受けて、捜査に向かったトグサと霊能局からやってきた新メンバーのツナギ。
事件と関連のある宗教団体「アテルイ」に潜入するが、サイトーの宿敵ともいえる強敵に出くわす。
一方、沖縄でも素子の影があったということで、バトー、アズマ、イシカワが捜査にあたるが、中国マフィアの襲撃を受ける。
北と南の事件が線となり、関係者の陰謀が浮かび上がってくる。
公安9課は事件が明るみになる前に食い止められるのか！？