高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う‘保菌者’によって埋め尽くされてしまった…。
蠢く大量の‘保菌者’から逃げ切れるのか！？ 絶望的サバイバル、開幕！ 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む！！ いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ！脱出作戦当日──更なる進化を遂げた保菌者に対し、晴輝・ながみ・山田が覚醒。
圧倒的な強さを見せ保菌者を倒した。
晴輝はらぎ姉と合流し、きらら救出のため道の駅駐車場に急行する。
その道の駅駐車場ではエリックの‘奥の手’が高木により発動。
最強の保菌者‘メット’が誕生してしまう。
神城を欠いた人類は、難敵メットに対抗できるのか…！？