平凡な中学生・若葉が曾祖母から相続した奇妙な形をしたペンと巨大な洋館。
その洋館に幽閉されていた「あかずきん」を名乗る謎の少女を解放したことで、描いた絵を具現化する力を持ち人々を救う「書の魔導士」の役目を若葉は継承する。
しかし、それをキッカケに若葉は第2次世界大戦あるいはそれよりも遥か古より続く魔女たちの戦いに巻き込まれていき──。
少女達が殴って斬って撃って殺しあう新本格ダークファンタジー開幕！！「機関（ゲゼルシャフト）」に加入し初の任務で敵組織「兄弟団（フラタニティ）」団長と交戦した若葉は、同じく魔導士の羽生乃恵瑠と協力し辛くも勝利を収める。
しかし休息もつかの間、乃恵瑠の生家・羽生家が「機構」内部の情報を漏洩させていたことが発覚。
その事実を知った乃恵瑠は、スパイとして送り込まれていた姉妹の詩枝瑠の凶弾に倒れてしまう。