数多の武芸者が’最強’を求め命を懸けた伝説の武芸仕合『海原大仕合』から2年。
『海原大仕合』で天下無双と謳われた千石伊織の元に徳川幕府より、戦いへの誘いが届く。
敵は幕府が’最強’を決めるため選んだ武芸者たち、その名は’幕下百剣’。
伊織に付き従うのは、剣に魅せられた一ノ瀬家の娘・蘭。
いずれも一騎当千の強者たちを相手に、千石伊織の新たな戦いが幕を開ける！！幕下大仕合本戦一回戦も残り二戦！！ 謎の大亀流の使い手・岡本半次郎とは何者か！？ 平松忠家に瀕死の深手を負わされた伊織は、一回戦終了後、どうにか江戸へ帰り着くも未だ目覚めぬまま……。
幕府が二回戦へ向け次なる刺客を投入する一方、忠家が次に目をつけたのは──我間！ 兄弟子を倒した男に、どう立ち会う！？