高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う’保菌者’によって埋め尽くされてしまった…。
蠢く大量の’保菌者’から逃げ切れるのか！？ 絶望的サバイバル、開幕！ 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む！！ いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ！隔離地域からの脱出…多くの人間を送り出した晴輝達。
だが姿を現した犯人により、轟が最強の進化生物に変えられてしまう。
追い詰められた晴輝達を救ったのは、死んだはずの神城！！ そして神城は犯人の正体を告げる…それは晴輝にとって衝撃の名前だった。
脱出組と分断され、らぎ姉は犯人の手により感染。
絶望的な状況で晴輝はもがき続ける！？