高校生・天宮晴輝の住む町は、ある日突然、人を襲う’保菌者’によって埋め尽くされてしまった…。
蠢く大量の’保菌者’から逃げ切れるのか！？ 絶望的サバイバル、開幕！ 変わり果てた人間が町を襲い、変わり果てた町が人を阻む！！ いつもの道を、命を懸けて駆け抜けろ！巨大な香里像から発せられた犯人のメッセージ。
感染は遂に世界に拡大し、各地で感染者が人々を襲い始める。
隔離地域の中で情報を遮断され、世界の情勢を知らぬまま彷徨う晴輝。
一方…山形に脱出した紗月は、晴輝を救い出すため動き出す。
「天宮隊長の後を託された」。
そう大ウソをついた紗月は、隊長代行として、保菌者排除に乗り出すが……。