士郎正宗の『攻殻機動隊1.5』のつづきの世界。
草薙素子が姿を消した後の公安9課を描いた『攻殻機動隊』最新作第2巻！ 公安9課から姿を消した草薙素子の義体が見つかった報告を受けて、捜査を始めたトグサと新人のツナギ。
宗教団体「アテルイ」を調査中に高出力の義体部隊の襲撃を受けて、ツナギが負傷する。
さらにツナギは、サイトーも警戒する最強の狩人「シロクマ」に連れ去られてしまう。
一方、義体メーカー「オオサキ工業」を捜査中のバトーとイシカワは、事件と関連がある階上承を見張っていた。
しかし中国マフィアから逃げるために、階上が仕掛けた攻撃によりイシカワが乗っ取られてしまい、バトーと戦うハメになる！！トグサの前には「シロクマ」が、バトーの前には「イシカワ」が敵として現る！！