士郎正宗の『攻殻機動隊1.5』のつづきの世界。
草薙素子が姿を消した後の公安9課を描いた『攻殻機動隊』最新作第3巻！ 公安9課を去った草薙素子の義体が東北のトワダで発見されたため、捜査を開始したトグサと新人のツナギ。
一方、沖縄近海でも草薙発見の報告が届いたため、暴力団組織に潜入しているイシカワとバトーが捜査にあたった。
北と南の捜査が進むにつれ、’白熊’と呼ばれる暗殺者と階上承の2人が、新浜市新市長の神子元シンラ殺害を目論んでいるとわかった。
地方に散らばっていた9課メンバーは神子元を守るために、最終決戦の地・ニューポートに集結した！！新市長の生死によって、草薙素子から始まった一連の事件が完結する！！