富士の樹海に隠された獅子神(ししがみ)一族の『清き処(きよきところ)』。<br />中心に座する磐座(いわくら)『核なる霊石』はサウザンドの化身、彼女自身がその身を変じ、古(いにしえ)の神々『真性(しんせい)』三柱を封じたものだった……。<br />ついに甦り、全人類を滅ぼさんとする『真性』。<br />慶太とクロの最後の戦いが始まる。<br />富士山の大噴火は阻止できるのか!? そしてクロと慶太の運命は……!?