西暦2195年。
木星より謎の飛行物体「鉄板（モノリス）」が出現し、火星へ侵攻を開始した。
地球連合軍は「木星兵器（ジュピトリアン）」に対して大規模な軍事行動に出たが、火星海域にて敗北。
木星兵器の侵攻は火星にとどまらず、地球にまで及ぼうとしていた。
［CONTENTS］第19話 木星の渕 - THE EDGE OF JUPITER第20話 さらなる真実 - THE TRUTH第21話 ナデシコ緊急会議 - EMERGENCY MEETING IN NADESICO第22話 月は燃えているか？ - CAN YOU SEE A BLAZING MOON？第23話 最終決戦 - THE FINAL BATTLE第24話 ナデシコよ永遠に - BE FOREVER NADESICO最終話 遊撃宇宙戦艦ナデシコ完結編 - THE FINAL NADESICO