ベルターの英雄、クロス・サイファーの残されたデータから、その記憶のすべてを受け継いだクロス・ボウは、メガクロスの秘密を知らされる。<br />それは、2つの異なる銀河系同士が交差するとき、機械が生物の住む星系全てを消滅させるというものだった。<br />オーバーロードに支配された地球軍が、その支配に属さない小惑星帯(アステロイド・ベルト)の首都・セレシアに向けて全艦隊を向かわせ、いよいよ最後の戦いの幕が上がる。<br />鬼才・星野之宣が描く、壮大なSFロマン完結編!!