コマンダー0とフェニックスの兵器人間との死闘は続いていた。<br />フェニックスは無用な人間を亡き者とする『虐殺計画（ジェノサイド・プロジェクト）』を企てていたのだ！だが、「人間」や「人間の可能性」を信じるコマンダー0は、たとえ相手がどんな強敵であっても、負けるわけにはいかなかった……。<br />フェニックスの総統・Mr.シャッフルの真の狙いとは！？そして、衝撃の結末が訪れる！！
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