信じられない情報が、海洋の平和を守る多国籍組織「青」に飛び込んできた！米の巡洋艦が第二次大戦中沈没したはずの戦艦大和に撃沈されたというのだ。
真相を確かめるべく、調査船を大和の沈没現場に派遣するが、海底に眠るはずの大和は消え、伝説の海竜赤ハゲが出現。
調査船は海の藻屑となるのだった。
青の1号コーバックも満を持して出動するが赤ハゲの猛攻で海底に沈んでしまう。
伊賀艦長率いる青6の活躍により一度は撃退した国際テロ組織マックスが赤ハゲや大和を操っているのだ。
やがて、伊賀の独断でコーバックを追っていた青6も赤ハゲとの激しい戦いに突入するのだった！だが、その頃マックスのムスカ潜団は手薄になった青の本局を目指し静かに総出撃していた……。