ヤマブキの母ミケの親友だったピンクは、ヤマブキに古代犬との闘いを止める遺言を伝える。
行動を変えないヤマブキを攻撃するピンクに死地に追い込まれて、ヤマブキは守魔として新たな力に覚醒する。
繰り返される古代犬の襲撃は、手を変え品を変えての激しさとなっていった。
なかなか傷が癒えないヤマブキに、飼い主である町田こうの父・充博士は合成獣としての成長限界を見る。
しかしピンクの死をきっかけに、ヤマブキは肉体的にも精神的にも爆発的に成長を遂げる。
遂に武蔵野国の総長・血牙が自ら率いて、人間までも襲い始めた。
しかし格段の能力アップを遂げたヤマブキは、その来襲を全て退ける。
ヤマブキ殺害に失敗した武蔵野国の残党は、古代犬一族の長である黒龍牙に責任を問われて始末される。
ヤマブキは全ての諸悪の根源である黒龍牙を斃すために、彼の住む出雲へと向かう。