「傀儡（くぐつ）」と呼ばれる人形がいた。
人間の社会に紛れ込み、世界の歴史を裏で操ってきた。
しかし、誰が何の目的で人形を生み出し、誰の意志で人形が動いているのかを知る者はいない……羽白 光奈（はじろ みな）はどこにでもいそうな高校1年生の女の子。
最近の日課はお気に入りの人形館に通うこと。
人形館の奥におかれている「瑠枷（るか）」と呼ばれる一体の美しい人形に会うため、光奈は足繁く人形館に通い詰めていた。
――そんなある日、光奈の世界は一変する。
人の世に紛れた人ならざる者「傀儡」を視認する力を持ってしまう。
実は「瑠枷」は世界の未来を左右する力を持つと言われる「ミマ」と呼ばれる存在で、「瑠枷」と契約（共鳴）することで、光奈は「傀儡」を視認し破壊する力を得てしまう。
光奈は力を覚醒させたことで、人の世界に紛れた「傀儡」を破壊（暗殺）する組織の一員に強制的に組み込まれてしまう。
普通の高校生としての生活を大切にしたい光奈はそんな理不尽な行為に反発するが、彼女の意志とは無関係に、彼女の生活の中に「傀儡」は現われていく。
光奈と同じ組織に属するメンバーには、幼いながら天才的頭脳を持つ小学生ジェシカ、華僑財閥に属する妖艶な美女・楊 麗鈴（ヤン・レイリン）、そして同じ高校に通う統神 璃子（すめらみ りこ）がいる。
光奈は彼女たちと共に「傀儡」と戦い、その中で彼女たちと仲間として絆を深めていく。
そして、謎の美女・高千穂 紗代（たかちほ さよ）の接触と、親友の相沢 真琴（あいざわ まこと）が事件に巻き込まれた事で事態は急変する。
これは、傀儡と人間の戦いなのか？光奈は自分の運命に困惑しながら戦っていく──