悪に染まったしずかを助け出すために、現れた怪物たちと戦うアキバリオンの3人だったが、敵の罠にかかり捕らえられてしまう。
身動きのとれないアキバリオン3戦士を楽しむようにいたぶるゲンダギン。
その場にいるしずかはそれをみて笑っているのだった。
絶体絶命のピンチが訪れたとき、しずかは3人に向けて気功弾を放つ。
爆風で弾き飛ばされるゲンダギン。
衝撃で拘束が解けた3人は、力を合わせてゲンダギンに立ち向かい、なんとかゲンダギンを倒すのだが、イエローが戦闘不能のダメージを負ってしまう。
秘密の地下室で治療する結衣子。
看病する朱音とメグ。
そこに現れたのは、なんと、『S』こと天才プログラマーの佐藤希という少女だった。
パソコンを使い現実世界と仮想空間を自在に操る希によって、最後の怪物アビリアに弄ばれるレッドとブルー。
追い詰められる二人。
そして舞台は秋葉原へ。
巨大化したアビリアを止めるため、みんなのパワーをレッドに集め、巨大化するアキバレッド。
アキバの街を舞台に未曾有の巨大対決が今、始まる…。