悪の秘密結社バゴーンの幹部メサイアは地球征服計画の最大の障害であるギンガイガーを倒すために、恐るべき計画を長年に渡って進行していた…。
孤児院からその素質を認められギンガジュニアで育ったギンガジュピターこと、マキにとってギンガジュニアは懐かしい故郷そのものだった。
そんなギンガジュピターの心に影を落とす出来事が起こる。
ある日、マキは長年離れて暮らし影ながら見守ってきた実の父親と会うことになり、待ち合わせをする。
そこに現れたのは秘密結社バゴーンの戦闘員SK6だった。
マキはSK6から実の父親だという衝撃の事実を告げられ、そこに現れたメサイアたちに捕えられてしまう…。
バゴーンの戦闘員は55歳の定年制があり組織の情報が漏れる危険を回避するために処刑処分されるか、もしくは改造手術によって怪人になるという選択を迫られるのだ。
定年を迎えたSK6の処分と引き換えにギンガイガーの機密情報を要求されるギンガジュピター、それこそがバゴーンの恐るべき計画だったのだ…。
そしてもう一人重大な選択を迫られる者がいた。
ギンガサターンこと、ぜんは体力の衰えを感じ、引退か現役を続けるかの決断に迫られていた。
そんなある日、盛り場で飲んでいたぜんは冴えない中年の男が街のゴロツキに因縁を付けられている現場に遭遇する。
その男は長年のライバルである戦闘員SK6だったのだ！加勢に入るぜんだったが、二人共ゴロツキに袋叩きに合う事に。
そこへ偶然通りがかったギンガマーキュリーこと、アイカはゴロツキを一瞬で倒す。
そしてSK6はメサイアがバゴーンの洗脳によって下部となったギンガジュピターを使い本部を爆破する計画を立てている事を告げるのだった！果たしてギンガイガーはバゴーンの計画を阻止する事ができるのか！