2111年・近未来の地球は、北と南の二つに分かれ160年もの間、緊迫した冷戦状態の世界が続いていた。北タウンと南タウン。核兵器の脅威で保たれている偽りの世界の裏で、秘密諜報員たちの戦いが人知れず繰り広げられていた。南タウンの女性秘密サイボーグ諜報員の0.001、0.002、0.003（通称01、02、03）は、ボスからの指令を受け3人で北タウンが開発したといわれるエネルギーカプセルを奪いに向かっていた。国境を難なく越え、北タウンに入ったところで3人は、兵士に追われている女性を見かける。助けに行こうとする02、03に任務優先を促す01。だが、人間の感情が多く残されている02・03は、女性を助けに行ってしまう。バラバラになる01と02・03。01はサイボーグの特性を生かし北の研究所に潜入することに成功するのだが…・