魔女界から逃亡した邪悪な魔女ストリガを追って、魔界の女王の指令を受けてマジカルセーラーナイトのサファイアとオニキスも人間界に向かった。追ってきたサファイアを見て、ストリガは憎む魔界の女王の面影を感じ、魔物アルスとケミアスを差し向ける。不意を襲われたサファイアは、変身途中を攻撃され、インナースーツでの苦戦を強いられる。一方、先にストリガの居場所に到達したオニキスだが、洗脳されてしまう。完全変身し有利に戦うサファイアだが、トドメと放った攻撃魔法が通用せずに動揺し窮地に。そこに現れたオニキスに助けを求めるが、操られたオニキスの電撃魔法を受けて倒れてしまう。我に返ったオニキスは、アルスたちと戦うが敗北し瀕死の重傷を負い、サファイアは拉致されてしまう。サファイアが憎き女王の娘だと確信するストリガは、その憎しみをサファイアに向け、様々な拷問でいたぶり苦しめる。ストリガに殺されそうになったサファイアだが、最後の力を振り絞って来たオニキスに救われる。だが、死を覚悟したオニキスは、残った力を全てサファイアに与えて絶命してしまう。オニキスの力を得て、完全変身したサファイアは、アルスとケミアスを倒して、ストリガを捕らえることができるのか！