正体不明の黒色ネウロイを退けた智子達の元に新たな脅威が迫り来る。
新種の歩行戦車型ネウロイに苦戦する「いらん子中隊」であったが、’カールスラント空軍’の英雄と謳われたルーデル大尉が合流し、一同打開策を模索するのであった。
そんな中、ロマーニャより記憶喪失の補充兵・ジュゼッピーナ准尉が入隊することに。
「良かった……あなたに会えて」着任早々智子に熱視線を送り続ける新たなウィッチが、「いらん子中隊」に波乱を巻き起こして――。
ハルカの嫉妬と羨望、そして魅惑の美少女ウィッチと智子の恋の行方が加速する！？ 恋する「いらん子」達の再飛行録、新展開の第2幕！！