君にはどうしても思い出せない記憶があるかい？ はっきりとした形にならない想い出が心に引っかかってはいないかな。
曖昧な過去に引きずられて、現在をむげにして、未来を犠牲にしてはいないか？ そう、死神たるぼくの曖昧なる敵ディジー・ミス・リジーのように――スプーキーEの死後、虚脱状態になっていた織機綺の前に現れた統和機構の使者は、彼女に責任を取ることを求め、綺は暗い記憶の扉をこじ開けられる。
そしてすべてに価値を見いだせない無気力な少年乙坂了哉が事態をもてあそび無為で無明な日常に復讐し始めたことで、街はその輪郭を失って崩壊し始める。
ブギーポップはそれを傍観し、炎の魔女さえ空回りを避けられない世界の危機の中で、綺は闇の深奥に辿り着くことができるのか……？