京都の大学で日本古代史を専攻する博士研究員（ポストドクター）の万桜は、友人に騙され、太宰府にある廃館寸前の『天神様博物堂』へと左遷される。
そんな万桜の前に、態度がでかくて口の悪い古風な平安装束を着た‘少年’――『菅原道真』が現れた！！ 彼は「学者としてあまりに怠惰なおぬしを咎めにきた」と傷心の万桜を叱り飛ばし、ちゃっかり家にまで上がりこんでくる始末。
だが、渋々ながらも付き合ううちに、万桜は忘れていた‘学ぶ楽しさ’を思い出し！？ がけっぷち歴女とちびっこ怨霊……もとい天神様の奇妙な師弟関係始まる！