方石――人々を魅了してやまない、様々な服飾品に変じることのできる立方体。
この技術のメッカである神与島で、アトリエ・白幽堂を営む白堂瑛介は17歳の若き方石職人。
方石を学ぶため、東京からやってきた下宿人の少女・黒須宵呼とともに暮らしている。
そんな瑛介は、本業である方石修繕の傍ら、人々を惑わす石――魔石の蒐集をし、その身請け人となっていた。
ある日、知人の方石研究者・涼子の依頼で連続方石窃盗事件を追うこととなった瑛介は相棒・猿渡とともに調査を開始する。
しかし、そこには宵呼を巻き込んだ驚くべき真実が隠されていた――。
※本電子書籍は、『φの方石』全3巻を1冊にまとめた合本版です。