「からくり探偵団」のタクミと草介、風花は、アメリカからひとりで来日したばかりのトーマスと友だちになる。
彼は黒ずくめの男から追われていたが、タクミたちのおかげで無事に逃げだすことができた。
追われる理由を聞かれたトーマスが取り出したのは、ひいおじいちゃんの形見の懐中時計。
それは世界に2個しかないという特別なもので、もう1つは日本人の緒方という人が持っているという。
トーマスはその人をさがしに日本にやってきたのだ。
懐中時計のふたの中に「暗号」を見つけたタクミたちは、トーマスといっしょに緒方さんを探すことに。
どうやら「暗号」を解いていくと、もう一つの懐中時計のありかがわかるようで……。
（いろは歌）に隠された「暗号」いっぱいのミステリー、君には解けるかな？