激闘の末、ハルカとチュインニを救出した「いらん子中隊」にカウハバ移転の指令が下る。
「皆さん、ここで我々はウィッチの教育にあたります！」前戦から退いたと気が休まったのも束の間、突如エルマから訓練生の指導を命じられる智子達。
しかし、ラウラ・ニッシネンら訓練生達の期待とは裏腹にイカサマや盗みといった破天荒な授業内容が繰り広げられる！ そんな新たな日常を過ごすいらん子達の下に空軍部隊の雄、第24戦隊がスオムス中央空域で連絡が途絶えたとの報が届く。
捜索隊として現場に向かう智子とビューリングであったが「智子、見たか？あいつは……」驚くべき敵と遭遇して！？