生き別れだった兄の翼、妹の美華子と再会した、圭一郎。
これまで自分は、ごくふつうの父子家庭に育ったと思っていたけど…じつは、圭一郎が生まれた「紅月家」は、代々「義賊」の家系で、一族の子どもは「13歳になると活動をはじめる宿命」にあるという。
翼、美華子といっしょに、成り行きで一度は〈怪盗レッド〉を名乗ったけれど…「しらない他人のために、命をかける――？ そんなこと僕にはできません」〈戦う理由〉をめぐって、兄妹との対立が…！？ 本格稼働する兄妹怪盗チーム・怪盗レッド。
その真の敵とは――自分たちの絆！？