「魔剣」の奪取と共に転校早々に騒動を巻き起こし、シャーロットと共に「ゼロの騎士団」を立ち上げたナハト。
そんな彼を上級生の魔剣姫たちや元老院が快く思うはずもなく、いよいよ学園を挙げての「ゼロの騎士団」潰しが本格化する。
部室や新たなる団員の獲得にも苦労する有様のナハトだったが、めげずにあの手この手で魔剣姫たちと接触し、様々な変化を引き出す。
だが、最大の壁となって立ちはだかるのは、最強の魔剣姫と噂される学園長代理のエレミア・キールモール。
シャーロットの因縁の相手との戦いにエレミアの思惑も絡み、事態は思わぬ方向に加速していく――！