様々な出来事を乗り越え無人島試験も終了。
待望の豪華客船での夏休みが始まった。
だが試験は様々な爪痕を残し、龍園が小宮を襲撃した犯人探しを開始、他の生徒達も今までとは違う動きを見せ始めていた。
そんな中、綾小路の前に3年の桐山が現れる。
「おまえの存在は邪魔でしかないんだ綾小路」告げられたのは南雲の変貌。
奇怪な行動を取り始め、綾小路1人に対して、3年生全体による『奇妙な監視』という指令が実行される。
一方で告白に対しての答えを返すため、綾小路は一之瀬との約束の場所に向かい――！？大人気学園黙示録、2年目の夏休みは波乱含み！？