新入生も全員参加となる士官学校の卒業演習、後方の強襲揚陸艦で待機するはずの茉莉香たちは敵艦隊の空母に白兵戦を仕掛けるという前代未聞の状況になり、あまつさえ拿捕に成功してしまう。
こうして演習初日は防御側練習艦隊『青』が大戦果を上げて終了するのだが、拿捕された空母からの情報漏洩を前提に、赤・青の双方とも作戦方針を大きく変更せざるを得なくなり、早々に全面艦隊戦へと突入する――！！ しかしこれは演習。
激化する電子情報戦下を潜り抜ける茉莉香たちに、休む間もなく新たなミッションが告げられる！ ミニスカ宇宙海賊シリーズ、新章第二幕！