ネルと共にある作戦のため王都に来ていたユキだったが、突如誘拐されてしまった！？覇龍であるレフィも駆けつけ、なんとかトラブルを解決し日常に戻ったある日、ユキ達は神が関係しているだろう武器「神杖」「神槍」の手がかりを探すために、武器の聖地ドワーフの里に行くことに。
ドワーフ達が崇める祠に行き、置かれていた石板に書かれた文字通り触れると意識がなくなり――何もない真っ白な空間に異形の姿をした「神槍」がいて……！？※本作品の電子版には本編終了後にカドカワBOOKS『サイレント・ウィッチ 沈黙の魔女の隠しごと』（著:依空 まつり）のお試し版が収録されています。