【『魔法少女まどか☆マギカ』新房昭之監督 推薦！】【未来をかけた、衝撃の魔法少女ゲーム第2巻】 バッドエンドを回避するため、ノゾミが用意した二周目の世界。
ここでホノカがやるべきことは二つ。
一つは、母である高坂花翠と、父・椎名月人の仲を深め、自分の生まれる未来を確定させること。
もう一つは、この世界に潜伏する、前回の黒幕を探し出し、消し去ること。
バグは形を変え、日常に潜んでいる……。
一周目のアドバンテージを生かし、しばし平穏な日常を甘受するホノカ。
懐かしい母との再会、そして変わらない父の存在。
だが、些細なズレから物語はレールを外れ、軋みを上げ始め、そして少女を全く知らない結末へと導いていく――。
予測不可能。
疾走の第二レース、開始。