コーディが9か月ぶりにバークレーへ帰ってきた！ ふたたび5人がそろった「暗号クラブ」のメンバーは、全員で夏休みの「スパイ養成講座」に参加することに。
スパイ養成講座では、本物のFBI捜査官が、変装、尾行、暗号解読などのスパイ技術を指導してくれる。
いつも暗号クラブのじゃまをする〈おジャマじゃマット〉や、金髪青い目の美人姉妹がしかけてくる嫌がらせが気になりつつも、スパイの「仕事」の奥深さにどんどん引きこまれていく暗号クラブのメンバーたち。
そして、いよいよスパイ講座の最終日。
コーディたちは、敵のスパイに扮した人物を尾行し、盗まれた機密情報を取りかえす、という修了テストに挑戦する。
コーディたちはあやしい人物を見つけ、ひそかに尾行して秘密の情報をゲットするが、なんとそれは、本物の産業スパイが盗みだした、数億ドル規模の機密情報だった！！ さらに、チームワークが乱れたところを敵のスパイに感づかれ、おジャマじゃマットが誘拐されてしまって大ピンチに！ はたして暗号クラブの5人は、プロのスパイからマットを救出することができるのか！？ ――実在する都市、大学、組織を舞台に、リアルなスパイの仕事がわかる体験型なぞ解きミステリー。
パワーアップして新たにスタート！ 大人が読んでもおもしろい！！