《銀水聖海》へ進出し、秩序を統べる学院《パブロヘタラ》に入学したアノス達。
初の銀水序列戦を制しパブロヘタラを騒めかせる彼らの前に、ミリティア世界を襲った者たち《幻獣機関》が姿を現す。
アノスが彼らを相手取る最中、母・イザベラが刺客に襲われる事件が発生。
通りかかった謎の青年の助力によって、その場は事なきを得たものの、イザベラは原因不明の高熱に倒れてしまった。
青年曰く、彼は幻獣機関の故郷《災淵世界》の出身者であり、イザベラは彼の姉が転生した姿だと言うのだ。
そして災淵世界との繋がりが、転生を経た今もなおイザベラの身体を蝕んでいるという――。