未知の動植物が繁栄する、地球とそっくりの惑星が発見され数十年。
「エデン」と名づけられたその惑星を探査するため、個人用多目的補助システム「E3ギア」が開発され、それを操るエクスプローラーと呼ばれる開拓者を育成するための学校が設立された。
そのひとつE3スクール東京校では、新入生のためにエキシビジョンとしてギア・アスレティックが開催されていた。
たったふたりのドラゴン・ギルドからは部長の工藤鑑真ではなく、二回生の如月舞羅が出場する。
かつて「空中戦の女王」と名を馳せた舞羅に、いきなり挑みかかる新入生が現れ──。
新時代の少年少女たちがつどい競い合う学園アーマードバトル開戦！