アルテアから無事帰還したアマタたちだったがMIX奪還ミッションは失敗に終わった。
特にシュレードの消耗は激しく絶対安静の状態。
アンディはMIXを取り戻せなかったことを悔いショックを隠せない。
アマタは行方不明のミコノを探しに行くが、そこでカグラと出会い自らの秘密を知る。
一方、アマタを庇って瓦礫の下敷きになったゼシカは心の隙をつかれ、ミカゲに身体を乗っ取られてしまい……！？ それぞれの想いが交錯する中、1万年と2千年の時を超え、遂に「神話型アクエリオン」が目覚める！！ 物語は遂にクライマックス！！ 大人気ロボットアニメ小説版第4巻！！