一宿一飯のお礼に、貧村を救おう！とアウトドアが趣味の青年ヤマトが異世界で奮闘し――3年後。
古代超帝国の末裔である人種管理者（オール・マスター）との死闘は、「霊獣大戦」という最終局面で、ついに人類が勝利を収めた。
大戦で被害を受けた村の復興に努めるヤマトのもとに、再び「緊急連絡」が！発見されたばかりの遺跡に調査へ向かうが、そこで今度は聖女マリアが消えてしまう。
彼女を追跡して南海諸島に向かうことになるが、南海諸島及び、ルート上にある南方樹海は「人食い蛮族」たちが巣くう呪われた土地らしくーー