現世とは別にある、あやかしが跋扈するもう1つの世界〈幽世〉。
そこに幼い頃に迷い込んでしまった夏織は、幽世で貸本屋を営む変わり者のあやかし・東雲に拾われ、人の身でありながらあやかし達と暮らしている。
そんな夏織は、ある日、行き倒れていた少年・水明と出会う。
現世で祓い屋を生業としているという彼の目的は「あやかし捜し」。
あやかしに仇なす存在とはいえ、困っている人を放っておけない夏織は、ある事情で力を失ってしまった彼に手を貸すことにするのだが――。
現世と幽世（かくりよ）の狭間を生きる人間の娘と、幾多の妖怪たちが織りなす『あったかい幻想郷の物語』