人類が宇宙へ進出して幾星霜。
数多の困難に直面しながら、それらを乗り越える力となったのが≪魔法（マギクラフト）≫の力だ。
通常、ごく一部の女性のみが持つとされる魔法の才能を導き、宇宙開発を担う人材≪宇宙魔法士（アストロマージ）≫を育成する教育機関≪アリストテレス≫。
そこへ向かう軌道エレベーターの中で異星幻獣の襲撃を受け瀕死となった早霧零は、英雄と称えられる宇宙魔法士ギア・リボルヴァと邂逅する。
戦いで致命傷を負ったギアが魔法で救えるのはどちらか一人――結果、英雄を犠牲に助けられた零は、史上9人目の男性の宇宙魔法士として覚醒する――！！