「ウォッチャーズになってくれないか？」――メカクシ団からの呼びかけにこたえ、消失した少女を探すために集まったウォッチャーズたちは、次々と発見された謎を考察してゆく。
それらをもとにてがかりを求めてメカクシ団は九州や関西に出動、ついに敵の研究所へたどり着く。
はたして屈強な男たちの妨害をかいくぐり、無事に少女を取り戻せるのか。
少女サーシャと若き研究者M.MBの出会いと過去とは。
なぜ少女は消失してしまったのか──。
2014年夏に実施された代替現実ゲーム『メカクシ団:ウォッチャーズ ?消失少女捜索大作戦?』で明かされなかった真実やエピソードが明らかに！