宇宙海賊ビシディアンの助けでイゼルカントの手を逃れたキオは、キャプテン・アッシュから宇宙を掌握できる‘秘宝’EXA-DBとそれを守護する巨大MSシドについて聞く。
一層激しくヴェイガン殲滅を唱える祖父フリット、両陣営の戦力均衡を保つことでかりそめの平和を維持しようとする父アセム。
そして新たなガンダムを託されたキオの選択とは……。
フリット、アセム、キオ、戦争に対するそれぞれの思いがぶつかり合う。
親子孫三世代が同時に戦い、そして究極の進化を遂げたガンダムが生まれる！ 百年に亘る戦いの物語、万感交到る結末がここに！！