怪盗キッドが行方不明に！？大阪にオープンする鈴木近代美術館で公開されることになったロマノフ王朝の秘宝、インペリアル・イースター・エッグ。
そこへ、怪盗キッドからエッグを狙った予告状が届く。
予告状の暗号を解いたコナンは、西の高校生探偵・服部平次と合流しキッドを追いかけるが、すんでのところで逃げられてしまう。
しかし、空を行くキッドが何者かに狙撃され海に墜落！！ エッグは取り戻したものの、東京へ戻る船上で殺人事件が発生！！ コナンは秘宝をめぐるカラクリを解き、真実にたどり着けるか！？