連載1000話記念の話題作をノベライズ！灰原からAPTX（アポトキシン）4869の解毒薬をもらい、一時的に工藤新一に戻ったコナンは、毛利蘭や鈴木園子たちと京都に修学旅行にやって来た。
そこで新一は、清水寺で出会った女優の鞍知景子から、映画仲間の元に届いた暗号を解いてほしいと頼まれる。
しかし新一が仲間たちにあった直後、そのうちの一人が殺害されてしまう。
その後も残りのメンバーが襲われる事件が続き、現場には必ず、天狗の羽団扇によく似たヤツデの葉と暗号が残されていた。
今回、修学旅行に参加するために服部平次の協力を仰いでいた新一は、平次と二人で事件の捜査に乗り出すが……。
久しぶりに会えた新一と蘭の恋の行方も見どころの物語♪